Depuis les années 2000 en particulier, les naissains, c’est-à-dire les jeunes huîtres de moins de 12 mois, sont régulièrement frappés par des mortalités estivales, récurrentes, qui affectent l’ensemble des bassins de production d’huîtres. Ces mortalités massives dont l’origine est inconnue entraînent des pertes de production comprises entre 60 et 100 %. Plusieurs ordonnances de référé- instruction ont donné mission à l’auteur de cet article, d’identifier les causes de ces mortalités entre 2008 et 2010, et de fournir les éléments techniques sur la participation de l'État et de l’Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer à cette situation catastrophique.